Sekolah ini berdiri pada bulan juli 1984 berawal dari MAN Tuban filial di rengel. Adapun latar belakang dan tujuan didirikannya sekolah ini adalah karena adanya kesadaran yang tinggi dan rasa tanggung jawab dari kepala MAN Tuban dan para tokoh masyarakat terhadap lingkungan sekitarnya akan kebutuhan pendidikan atas, yang berlatar belakang keislaman. Ternyata hal ini mendapat dukungan juga dari Kepala SMP serta Muspika Kecamatan Rengel.
Pada awalnya, berlangsungnya proses belajar mengajar menempati gedung SMP muhammadiyah 2 Rengel di jalan raya 625 Rengel dengan murid sejumlah kurang lebih 100 siswa. Bulan juli 1985 sekolah ini proses belajar mengajarnya dipindahkan ke beron menempati gedung MI AL hidayah (sekarang MIN rengel).alhamdulillah pada akhir tahun 1985 Bapak K.Subakir menyerahkan tanah negara yang seluas 425 m2 kepada Departemen Agama untuk membangun gedung sekolah yang dirintis oleh BP-3. hasilnya, pada tahun 1988 para siswa sudah dapat menempati gedung milik sendiri tersebut, 4 untuk ruang belajar 1 ruang tambahan untuk kantor. Seiring dengan belajar dan jumlah siswa semakin bertambah.
Berkat kerjasama antara kepala sekolah, guru, dan karyawan serta pengurus BP-3,maka pada tahun 1994 status MAN tuban filial di rengel menjadi Madrasah Aliyah Negeri rengel, dengan SK Menteri Agama RI No.244 Tahun 1993 tertanggal 25 oktober 1993. Dikarenakan perubahan status MAN Rengel menjadi SMU yang berciri khas islam. Tentunya tidak ada perbedaan antara Madrasah Aliyah dengan SMA, bahkan MA mempunyai nilai tambah dalam bidang keagamaan dibandingkan dengan SMA, apalgi siswa MAN Rengel memperoleh kegiatan akstrakulikuler, antara lain: Tilawatil Quran, Musik, Kompiuter, Percakapan bahasa arab dan percakapan bahasa inggris, Pramuka, Bela diri, Bola Basket, Bola voli, Sepak Bola. PMR, PKS, Debat Bahasa Inggris, Menjahit, Tata Boga, Mubalighoh, Paduan Suara, Hadrah, Teater.
Pada tahun pelajaran baru 1990/1999 jumlah siswa MAN Rengel sudah mencapai 375 siswa, diikuti dengan pengadaan sarana prasarana yang cukup memadai dalam pengadaan ruang oembelajaran. Perkembangan MAN Rengel tidak dapat terelakkan lagi, karena begitu banyak minat orang tua dan anak memilih MAN Rengel.
Pada penghujung thun Tahun Pelajaran 1999/2000 Kepala MAN Rengel yang selama in membangun dan mengembangkan sekolah ini yakni Bapak Muhaimin, BA, dengan langkah awal beliau membentuk koperasi siswa dan mendirikan Theater Firman, serta membangun dua lokal ruang belajar bertingkat. Kiprah beliau memimpin sekolah ini dilanjutkan dengan diterbitkanya majalah triwulan AKSIS sebagai ajang kreasi dan inspirasi siswa MAN Rengel. Pada tahun pelajaran 2001/2002 jumlah siswa MAN Rengel sudah mencapai 700 siswa. Bwerdasarkan daatersebut dapat disimpulkan bahwa jumlah peminat yan ingin belajar di MAN Rengel selalu meningkat dari tahun ke tahun.
Pada awal Tahun Pembelajaran Baru 2004/2005 Baoak Drs. Leksono, MPdI menggantikan tanggung jawab Bapak Muhaimin, BA sebagai kepala sekolah MAN Rengel. Sebagai kepala sekolah yang baru, beliau langsung memperindah lingkungan depan kantor dengan taman dan reboisasi. Tanggungjawab itu dilanjutkan dengan merombak totak Masjid Al-Ihsan. Proses pembelajaran juga mengalami beerapa perubahan menuju perbaikan. Sudah tahun ke-3, MAN Rengel menggunakan Kurikulum Berbasis Kompetisi. Dalam pengembangan KBK ini beliaumewujudkan program-program yang mendukung keberhasilan KBK di MAN Rengel. Satu diantara program tersebut adalah adanya program full day, baik untuk kelas X, XI, XII. Pada Tahun Pelajaran 2006/2007 MAN Rengel meneraokan KTSP untuk kelas X. Pada tahun pealajaran 2007/2008 Bapak Drs. H.Kasduri, MPdI. Beliau menggantikan Bapak Drs. Leksono, MPdI Beliau sangat mendukung pembelajaran TIK dengan memberikan fasilitas LAN dan internet.
Memang tidak gading yang tak retak, tiada lesung yan tidak berdedak. Kelemahan tetp milik manusia. Insya Allah MAN Rengel akan mewujudkan harapan untuk memajukan sekolah dengan kerja sama yang apik antara lingkungan intren sekolah sendiri dengan lingkungan keluaga siswa dan lingkungan masyarakat.